Desain primer DNA COXI (Cytochrome c Oxidase Sub Unit 1) Kura-kura (Cuora amboinensis)
Oleh : Ajeng Ayu Suryani (1600017100) dan Nita Yuniarningsih (1600017101)
Langkah-langkahnya adalah sebagai berikut :
Hal yang harus dilakukan terlebih dahulu adalah masuk ke laman: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Catatan : Gambar ditampilkan terlebih dahulu baru penjelasan
1. pilih opsi ''Gene''
2. ketik DNA yang akan dicari ( terlalu banyak pilihan DNA COXI, kami memilih menggunakan nama hewan untuk mempermudah pencarian )
3. cari sampai ditemukan '' Cytochrome c Oxidase Sub Unit 1 (Cuora amboinensis) ''
4. setelah ditemukan. kemudian,
5. klik bagian yang ditunjuk
6. setelah laman ditampilkan, klik '' FASTA ''
7. Urutan basa yang ditampilkan kemudian di Ctrl C+ Ctrl V ke Ms. Word
8. Urutan basa kemudian dihilangkan spasinya
9. kembali ke laman ncbi, klik '' Primer-BLAST ''
10. Urutan basa yang telah dihilangkan spasinya kemudian di Paste ke kolom yang tersedia di bagian PCR Template
11. Max. product diubah menjadi 700
12. Scroll ke bawah laman dan klik '' Get Primer ''
13. Setelah hasilnya keluar, kemudian dilihat primer yang terpanjang
14. primer terpanjang yang didapatkan adalah '' Primer Pair 5 ''dengan panjang product 603
15. forward primer dan reverse primer yang akan digunakan untuk PCR telah diketahui.